Η Ειδική Γραμματεία συνιστά αρμόδια αρχή για όλα τα θέματα που αφορούν τους ασυνόδευτους ανηλίκους στη χώρα μας και εθνικό σημείο επαφής προς τα αρμόδια όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Συνεργάζεται με κράτη-μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης, τρίτες χώρες, όργανα ή/και υπηρεσίες της Ευρωπαϊκής Ένωσης και διεθνείς οργανισμούς για την ανάληψη πρωτοβουλιών, τη λήψη μέτρων και την υλοποίηση προγραμμάτων που συμβάλλουν στην προστασία των ασυνόδευτων ανηλίκων. Σε επίπεδο υλοποίησης των πρωτοβουλιών και προγραμμάτων στην Ελλάδα, όπως ενδεικτικά είναι το Πρόγραμμα της Εθελοντικής Μετεγκατάστασης Ασυνόδευτων Ανηλίκων από την Ελλάδα το οποίο υλοποιείται με την υποστήριξη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής και συμμετέχουν σε αυτό 13 κράτη ή άλλα προγράμματα φιλοξενίας και υποστήριξης ανηλίκων που υλοποιούνται με την υποστήριξη των κρατών της Δανίας, της Ολλανδίας και της Νορβηγίας, η Ειδική Γραμματεία συντονίζει τις ενέργειες που απαιτούνται.​