Η Ειδική Γραμματεία Συντονισμού Εμπλεκομένων Φορέων έχει ως στρατηγικούς στόχους:​

την καταγραφή/ πιστοποίηση των Νομικών Προσώπων Ιδιωτικού Δικαίου (Ν.Π.Ι.Δ.) μη Κερδοσκοπικού Χαρακτήρα και Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων (Μ.Κ.Ο.) και των μελών τους, που δραστηριοποιούνται στην Ελλάδα σε θέματα διεθνούς προστασίας, μετανάστευσης και κοινωνικής ένταξης.​

τη διασφάλιση της ομαλής συνύπαρξης μεταξύ των προσφύγων – μεταναστών που φιλοξενούνται στις κατά τόπους Δομές και Κέντρα και των τοπικών κοινωνιών.​